Πλοήγηση ανά Συγγραφέας "Karakachanov, Maksim"

Τώρα δείχνει 1 - 1 of 1
  • Μικρογραφία εικόνας
    Τεκμήριο
    Διαδικτυακή και διαδραστική οπτικοποίηση πολλαπλών γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων.
    (ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ., ΣΧΟΛΗ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ (ΣΜΗΧ), Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, 2022-04-01) Karakachanov, Maksim; -
    Τα γονιδιακά ρυθμιστικά δίκτυα (ΓΡΔ) (Gene Regulatοry Netwοrks) μοντελοποιούν τις αλληλεπιδράσεις γονιδίων κατά τη διάρκεια των βιολογικών διεργασιών. Στο κύτταρο εκατοντάδες ή χιλιάδες γονίδια εκφράζονται και συνεργάζονται από κοινού για να εξασφαλιστεί η λειτουργία και η επιβίωση του. Οι σχέσεις των γονιδίων έχουν χαρτογραφηθεί σε ΓΡΔ, τα οποία μπορούν να προσφέρουν γνώση σχετικά με τους μηχανισμούς της γονιδιακής έκφρασης. Επίσης, τα δίκτυα αυτά μπορούν να αξιοποιηθούν για την καλύτερη κατανόηση της ροής των πληροφοριών σε ένα βιολογικό σύστημα. Επιπλέον, μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό μονοπατιών και να μοντελοποιήσουν αλλαγές στην έκφραση γονιδίων υπό διαφορετικές συνθήκες. Η παρούσα πτυχιακή εργασία ασχολείται με τη σύνδεση πολλών μεμονωμένων γράφων μεταξύ τους και την οπτικοποίηση αυτών. Αυτοί οι γράφοι αφορούν ορισμένες έννοιες της μοριακής βιολογίας, όπου κάποιες σημαντικές από αυτές είναι τα γονίδια, οι πρωτεΐνες τους και η γονιδιακή έκφραση. Για τον σκοπό αυτό δημιουργήθηκε ένας αλγόριθμος ο οποίος ενσωματώθηκε σε μια πλατφόρμα, το MultiGraph Connector. Αυτός ο αλγόριθμος, υποστηρίζει λειτουργίες όπως εισαγωγή γράφου, ένωση γράφων μεταξύ τους αλλά και οπτικοποίηση αυτών. Το τελικό αποτέλεσμα της παραπάνω διαδικασίας είναι η δημιουργία μιας διαδικτυακής εφαρμογής κυρίως για χρήστες που ασχολούνται με τον τομέα της βιοπληροφορικής, ώστε να βοηθήσει τους ερευνητές να κατανοήσουν ευκολότερα τις αλληλεπιδράσεις σε βιολογικά μονοπάτια όπου έχουν αναπτυχθεί διάφοροι αλγόριθμοι διάταξης. Ο χρήστης, χάρη στους αλγόριθμους διάταξης, μπορεί να μεταφέρει αυτόματα μονοπάτια, επισημαίνοντας τις ακμές των κόμβων και αλλάζοντας το οπτικό ύφος, ώστε το διάγραμμα μονοπατιού να είναι ευνόητο. Η πτυχιακή εργασία είναι δομημένη σε 6 κεφάλαια, τα οποία αναλύουν όλη την απαραίτητη θεωρία των εννοιών της βιολογίας και των ρυθμιστικών γονιδιακών δικτύων. Επίσης, επεξηγούνται οι τεχνολογίες που χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη Multigraph Connector. Τέλος, παρουσιάζεται η εφαρμογή που δημιουργήθηκε για τους σκοπούς της παρούσας πτυχιακής.